Hoàn thuế GTGT 2026: vì sao hồ sơ của bạn bị "treo" và cách xử lý
Trả lời nhanh
Hồ sơ hoàn thuế GTGT năm 2026 thường bị "treo" vì ba lý do chính:
hồ sơ bị phân loại rủi ro cao nên chuyển sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC);
người bán hoặc một mắt xích trong chuỗi cung ứng bị cảnh báo rủi ro;
doanh nghiệp không giải trình, bổ sung tài liệu đầy đủ trong thời hạn 10 ngày làm việc.
Tin tốt là khung pháp lý đã được gỡ đáng kể. Từ 01/01/2026, Luật số 149/2025/QH15 bãi bỏ điều kiện "người bán đã kê khai, nộp thuế". Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 của
Cục Thuế khẳng định thêm hai điểm:
cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận không được hoàn thuế;
nếu chỉ một phần số tiền có rủi ro, phần còn lại vẫn được tiếp tục giải quyết.
Từ "điểm nghẽn" năm 2025 đến chính sách năm 2026
Khi Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ 01/7/2025, doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế phải chứng minh thêm rằng người bán đã kê khai và nộp thuế đối với hóa đơn đã xuất.
Điều kiện này biến doanh nghiệp xuất khẩu thành người "gánh" rủi ro của cả chuỗi cung ứng. Chỉ cần một nhà cung cấp chậm nộp tờ khai là cả hồ sơ hoàn thuế có thể bị dừng.
Sau phản ánh mạnh mẽ từ cộng đồng doanh nghiệp, Quốc hội đã thông qua Luật số 149/2025/QH15 bãi bỏ điều kiện này từ 01/01/2026. Nghị định 359/2025/NĐ-CP cũng bãi bỏ khoản 3 Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Hồ sơ đã nộp, đã được tiếp nhận trước 01/01/2026 mà chưa có quyết định hoàn thuế cũng không cần đáp ứng điều kiện về người bán.
Tuy vậy, doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng đủ các điều kiện còn lại:
nộp thuế theo phương pháp khấu trừ;
thực hiện đầy đủ chế độ sổ sách, chứng từ kế toán;
đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế đầu vào;
không sử dụng hóa đơn, chứng từ hình thành từ hành vi bị nghiêm cấm.
Công văn 6936/CT-QLTT: sáu điểm doanh nghiệp nên nắm
Ngày 18/9/2026, Cục Thuế ban hành Công văn 6936/CT-QLTT để thống nhất cách giải quyết hoàn thuế GTGT trên toàn quốc. Đây là văn bản doanh nghiệp nên in ra và mang theo khi làm việc với cơ quan thuế.
Cảnh báo rủi ro chỉ là thông tin quản lý. Việc người bán hay hóa đơn bị cảnh báo không có nghĩa là giao dịch không có thật hoặc doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn.
Chỉ phần có rủi ro mới bị kiểm tra trước. Với hồ sơ thuộc diện hoàn trước, phần số tiền không có rủi ro tiếp tục được giải quyết theo trình tự hoàn trước. Toàn bộ hồ sơ không bị dừng chỉ vì một phần có vấn đề.
Người bán bỏ địa chỉ hay giải thể không phải căn cứ từ chối hoàn. Cơ quan thuế phải xem xét tính hợp pháp và tính có thật của giao dịch dựa trên hồ sơ, chứng từ.
Bỏ điều kiện người bán đã nộp thuế đối với kỳ hoàn từ 01/01/2026. Kỳ hoàn trước đó áp dụng quy định có hiệu lực tại kỳ tương ứng.
Thời hạn giải trình 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo yêu cầu, theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Chỉ thu hồi số thuế đã hoàn khi có căn cứ từ kết quả kiểm tra, xác minh hoặc kết luận của cơ quan có thẩm quyền. Cơ quan thuế không thu hồi chỉ vì sau này người bán bị cảnh báo hoặc giải thể.
Vì sao hồ sơ bị "treo": chẩn đoán và cách xử lý
Dấu hiệu | Nguyên nhân thường gặp | Doanh nghiệp nên làm gì |
Nhận thông báo chuyển sang kiểm tra trước, hoàn thuế sau | Hồ sơ bị hệ thống phân loại rủi ro cao. Cơ quan thuế được đổi hình thức giữa chừng nếu phát hiện dấu hiệu rủi ro | Đề nghị cơ quan thuế làm rõ phạm vi rủi ro. Chuẩn bị bộ hồ sơ chứng minh giao dịch. Nếu kỳ hoàn liền kề trước đã kiểm tra mà không phát hiện sai phạm, đối chiếu với ngoại lệ tại Thông tư 94/2026 |
Nhận thông báo giải trình, bổ sung tài liệu | Thiếu chứng từ thanh toán, giao nhận hàng, chứng từ xuất khẩu | Phản hồi đầy đủ, nhất quán trong 10 ngày làm việc. Nếu cần thêm thời gian, đề nghị bằng văn bản |
Một phần số tiền bị "giữ lại" | Một số hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp bị cảnh báo | Yêu cầu tách phần không rủi ro để xử lý theo Công văn 6936. Chứng minh riêng các giao dịch bị cảnh báo |
Hồ sơ không có phản hồi quá thời hạn | Quá tải hoặc vướng mắc nội bộ tại cơ quan thuế | Tra cứu trạng thái trên hệ thống điện tử, gửi văn bản đề nghị giải quyết. Lưu ý quyền được trả lãi khi chậm hoàn do lỗi của cơ quan thuế |
Bị đề nghị không hoàn hoặc thu hồi | Cơ quan thuế cho rằng giao dịch không có thật hoặc hóa đơn không hợp pháp | Đề nghị nêu rõ căn cứ. Giải trình bằng chứng cứ. Cân nhắc khiếu nại quyết định hành chính |
Bộ hồ sơ chứng minh "giao dịch có thật"
Trong mọi kịch bản, yếu tố quyết định là doanh nghiệp có chứng minh được giao dịch có thật hay không. Một bộ hồ sơ tốt cần nhất quán theo dòng hàng và dòng tiền:
hợp đồng, đơn đặt hàng, phụ lục giá;
hóa đơn đầu vào và đầu ra;
chứng từ thanh toán qua ngân hàng;
phiếu nhập kho, xuất kho, biên bản giao nhận, chứng từ vận chuyển;
định mức sản xuất (với doanh nghiệp sản xuất);
tờ khai hải quan, vận đơn, hóa đơn thương mại (với hàng xuất khẩu);
trao đổi, email giao dịch khi cần làm rõ.
Tình huống minh họa
Công ty F sản xuất hàng may mặc xuất khẩu, đề nghị hoàn 8 tỷ đồng thuế GTGT. Hệ thống xác định 1,2 tỷ đồng liên quan đến hai nhà cung cấp vải bị cảnh báo "không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký".
Trước đây, cả hồ sơ có thể bị dừng để chờ xác minh. Theo Công văn 6936, 6,8 tỷ đồng còn lại được tiếp tục giải quyết theo trình tự hoàn trước. Chỉ 1,2 tỷ đồng chuyển sang kiểm tra trước.
Với phần bị kiểm tra, Công ty F chuẩn bị bộ hồ sơ chứng minh chuỗi giao dịch:
hợp đồng mua vải;
ủy nhiệm chi qua ngân hàng;
phiếu nhập kho và chứng từ vận chuyển;
định mức tiêu hao vải trên từng mã hàng, đối chiếu với tờ khai xuất khẩu thành phẩm.
Khi các số liệu khớp nhau, cơ quan thuế có đủ cơ sở xác nhận giao dịch có thật, dù nhà cung cấp hiện không còn ở địa chỉ cũ.
Checklist trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế
Đối chiếu tờ khai GTGT, hóa đơn đầu vào và số đề nghị hoàn. Loại bỏ chênh lệch trước khi nộp.
Tra cứu trạng thái hoạt động và mức rủi ro của các nhà cung cấp chính.
Bảo đảm mọi hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Với hàng xuất khẩu: khớp tờ khai hải quan, hợp đồng, chứng từ thanh toán từ khách hàng nước ngoài.
Chuẩn bị sẵn bộ hồ sơ chứng minh giao dịch dạng điện tử, sắp xếp theo từng nhà cung cấp.
Phân công đầu mối theo dõi thông báo của cơ quan thuế để không lỡ thời hạn 10 ngày làm việc.
Lưu bản sao Công văn 6936/CT-QLTT để viện dẫn khi làm việc.
Câu hỏi thường gặp
Từ năm 2026, người bán chưa nộp thuế thì doanh nghiệp mua có được hoàn thuế không?
Có thể được. Từ 01/01/2026, điều kiện "người bán đã kê khai, nộp thuế" đã bị bãi bỏ. Doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng các điều kiện khác và chứng minh giao dịch có thật.
Nhà cung cấp bị cảnh báo rủi ro thì hồ sơ có bị từ chối toàn bộ không?
Không. Theo Công văn 6936/CT-QLTT, chỉ phần số tiền có rủi ro bị kiểm tra trước. Phần còn lại vẫn được tiếp tục giải quyết.
Thời hạn giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu là bao lâu?
Mười ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo, theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Đã được hoàn thuế, sau đó người bán giải thể thì có bị thu hồi không?
Không bị thu hồi chỉ vì lý do đó. Việc thu hồi chỉ thực hiện khi có kết luận rằng doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn hoặc có vi phạm.
Căn cứ pháp lý
Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, được sửa đổi bởi Luật số 149/2025/QH15.
Nghị định 181/2025/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP.
Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP (Điều 30).
Thông tư 89/2026/TT-BTC (Điều 48, 49) và Thông tư 94/2026/TT-BTC (Điều 16).
Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 của Cục Thuế.
W&A đồng hành cùng doanh nghiệp
Hoàn thuế GTGT là dòng tiền, và mỗi tháng hồ sơ bị treo là chi phí vốn doanh nghiệp phải gánh. Với đội ngũ luật sư thuế và đại lý thuế, W&A hỗ trợ doanh nghiệp xuyên suốt quá trình hoàn thuế:
Rà soát hồ sơ trước khi nộp: sàng lọc hóa đơn và nhà cung cấp rủi ro, chuẩn bị bộ hồ sơ chứng minh giao dịch ngay từ đầu.
Lập và nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp xuất khẩu và dự án đầu tư.
Đại diện làm việc với cơ quan thuế: giải trình, viện dẫn đúng quy định và Công văn 6936/CT-QLTT, đề nghị tách phần không rủi ro để xử lý.
Khiếu nại quyết định không hoàn thuế hoặc thu hồi hoàn thuế, và hỗ trợ tố tụng khi cần.
Thiết kế quy trình kiểm soát nhà cung cấp: giảm rủi ro cho các kỳ hoàn thuế tiếp theo.
Bình luận