Hóa đơn đầu vào "có vấn đề": doanh nghiệp xử lý thế nào khi nhà cung cấp bỏ trốn, ngừng hoạt động?

Trả lời nhanh

Khi nhà cung cấp bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động, câu hỏi quyết định là hóa đơn được lập trước hay sau thời điểm cơ quan thuế xác định người bán bỏ trốn, ngừng sử dụng hóa đơn.

• Hóa đơn lập sau thời điểm đó: bị coi là hóa đơn không hợp pháp. Doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT, không được tính vào chi phí được trừ, và có thể bị xử phạt.

• Hóa đơn lập trước thời điểm đó: không tự động bị loại. Nếu doanh nghiệp chứng minh được giao dịch có thật (hợp đồng, giao nhận, thanh toán qua ngân hàng, hạch toán đầy đủ), quyền khấu trừ và tính chi phí vẫn được bảo vệ.

Cục Thuế cũng đã khẳng định tại Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026: việc người bán bị cảnh báo rủi ro, bỏ địa chỉ hay giải thể không tự nó là căn cứ để kết luận doanh nghiệp mua hàng vi phạm.

Vì sao đây là rủi ro "kinh niên" của doanh nghiệp Việt Nam?

Mỗi năm, hàng nghìn doanh nghiệp bị cơ quan thuế đưa vào diện "không hoạt động tại địa chỉ đăng ký" hoặc bị xác định có dấu hiệu mua bán hóa đơn. Trong số khách hàng của họ, phần lớn là doanh nghiệp mua hàng thật, trả tiền thật. Dù vậy, những doanh nghiệp này vẫn bị yêu cầu giải trình, tạm dừng khấu trừ, hoặc bị loại chi phí.

Với hệ thống hóa đơn điện tử và cơ sở dữ liệu kết nối, cơ quan thuế phát hiện các mắt xích rủi ro nhanh hơn rất nhiều so với trước. Điều này không đổi theo năm và sẽ còn tiếp tục khi quản lý thuế ngày càng dựa vào dữ liệu. Vì vậy, kỹ năng xử lý hóa đơn đầu vào có vấn đề là năng lực tuân thủ lâu dài, không phải việc làm một lần.

Phân loại các tình huống thường gặp

Tình huống	Hệ quả thường gặp	Hướng xử lý
Hóa đơn lập sau thời điểm người bán bị thông báo bỏ trốn, ngừng sử dụng hóa đơn	Hóa đơn không hợp pháp: không khấu trừ, không tính chi phí, có thể bị phạt	Kê khai điều chỉnh giảm. Làm việc với người bán (nếu liên lạc được) để xử lý. Đánh giá phương án thu hồi tiền
Hóa đơn lập trước thời điểm đó, doanh nghiệp chưa kê khai	Cơ quan thuế có thể yêu cầu tạm dừng khấu trừ để xác minh	Chuẩn bị hồ sơ chứng minh giao dịch có thật, đề nghị xác minh
Hóa đơn lập trước thời điểm đó, doanh nghiệp đã kê khai	Cơ quan thuế yêu cầu giải trình hoặc điều chỉnh	Nếu khẳng định giao dịch đúng: cam kết chịu trách nhiệm và cung cấp chứng cứ để cơ quan thuế kiểm tra, kết luận
Người bán chỉ bị "cảnh báo rủi ro", chưa có kết luận	Thông tin phục vụ quản lý rủi ro	Theo Công văn 6936/CT-QLTT, cảnh báo không đồng nghĩa giao dịch không có thật. Doanh nghiệp giữ quyền khấu trừ nếu chứng minh được
Đã có kết luận của cơ quan có thẩm quyền rằng hóa đơn là bất hợp pháp	Loại khấu trừ, loại chi phí	Đánh giá khả năng chứng minh lỗi thuộc về bên bán để được xử lý theo hướng khai sai thay vì trốn thuế

Bộ hồ sơ "phòng thủ" cho mỗi giao dịch

Hồ sơ phòng thủ tốt nhất được tạo ra khi giao dịch diễn ra, không phải khi cơ quan thuế hỏi đến.

Với mỗi nhà cung cấp, đặc biệt nhà cung cấp mới hoặc có giá trị lớn, doanh nghiệp nên lưu:

• Hồ sơ nhà cung cấp: thông tin đăng ký doanh nghiệp, trạng thái mã số thuế tại thời điểm giao dịch (ảnh chụp kết quả tra cứu), địa chỉ thực tế, người liên hệ.

• Chứng từ giao dịch: hợp đồng, đơn đặt hàng, báo giá, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, chứng từ vận chuyển.

• Chứng từ thanh toán: ủy nhiệm chi, sao kê ngân hàng thể hiện đúng tài khoản của người bán.

• Bằng chứng sử dụng: hàng hóa đã đưa vào sản xuất, bán ra, hoặc dịch vụ đã nhận và có kết quả.

Một lưu ý quan trọng: thanh toán qua ngân hàng là điều kiện cần, nhưng chưa đủ. Cơ quan thuế xem xét tổng thể dòng hàng và dòng tiền. Thanh toán vào một tài khoản không đứng tên người bán, hoặc dòng tiền quay vòng về chính doanh nghiệp mua, là dấu hiệu rủi ro nghiêm trọng.

Quy trình xử lý khi nhận được thông báo của cơ quan thuế

1. Xác định thời điểm. Đối chiếu ngày lập từng hóa đơn với ngày cơ quan thuế xác định người bán bỏ trốn, ngừng hoạt động hoặc ngừng sử dụng hóa đơn.

   
   

2. Phân nhóm hóa đơn. Tách riêng nhóm lập sau thời điểm đó (khó bảo vệ) và nhóm lập trước (có thể bảo vệ).

   
   

3. Với nhóm khó bảo vệ: chủ động kê khai điều chỉnh để hạn chế tiền phạt, tính tiền chậm nộp. Đồng thời đánh giá quyền đòi lại tiền đã thanh toán từ người bán.

   
   

4. Với nhóm có thể bảo vệ: lập bộ hồ sơ chứng minh. Gửi văn bản giải trình trong thời hạn yêu cầu (10 ngày làm việc nếu là thông báo giải trình theo Thông tư 89/2026/TT-BTC). Viện dẫn Công văn 6936/CT-QLTT.

   
   

5. Nếu bị xử phạt: xem xét căn cứ để khiếu nại. Trường hợp người mua chứng minh được lỗi thuộc về bên bán và đã hạch toán đầy đủ, quy định về xử phạt hành chính thuế cho phép xử lý theo hướng nhẹ hơn hành vi trốn thuế.

Tình huống minh họa

Công ty P mua thép phế liệu từ một doanh nghiệp thương mại trong 8 tháng, tổng giá trị 6 tỷ đồng. Tháng thứ 9, nhà cung cấp bị cơ quan thuế thông báo "không hoạt động tại địa chỉ đăng ký". Có 3 hóa đơn với tổng giá trị 700 triệu đồng được lập sau ngày thông báo này, do bên bán vẫn tiếp tục xuất hóa đơn.

Công ty P xử lý như sau:

• 3 hóa đơn lập sau thời điểm thông báo: chủ động kê khai điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào và loại khỏi chi phí, đồng thời gửi văn bản yêu cầu người bán hoàn trả tiền.

• Các hóa đơn còn lại (5,3 tỷ đồng): chuẩn bị hồ sơ gồm hợp đồng, phiếu cân, phiếu nhập kho, ủy nhiệm chi vào đúng tài khoản người bán, và báo cáo sử dụng nguyên liệu trong sản xuất.

Sau khi kiểm tra, cơ quan thuế chấp nhận khấu trừ và chi phí cho phần 5,3 tỷ đồng. Nhờ chủ động điều chỉnh phần không bảo vệ được, công ty không bị quy kết hành vi trốn thuế.

Phòng ngừa: năm thói quen nên duy trì

1. Tra cứu trạng thái mã số thuế của nhà cung cấp trước khi ký hợp đồng và định kỳ trong quá trình giao dịch.

2. Hạn chế mua qua trung gian thương mại không có kho bãi, phương tiện, nhân sự tương xứng với quy mô giao dịch.

3. Chỉ thanh toán vào tài khoản ngân hàng đứng tên người bán.

4. Thiết lập cảnh báo nội bộ khi nhà cung cấp chuyển trạng thái trên hệ thống thuế.

5. Lưu hồ sơ giao dịch dạng điện tử, sắp xếp theo nhà cung cấp, ít nhất trong suốt thời hạn khai bổ sung và thời hiệu xử lý thuế.

Câu hỏi thường gặp

Nhà cung cấp bỏ trốn thì hóa đơn trước đó có bị loại không?

Không tự động bị loại. Hóa đơn lập trước thời điểm cơ quan thuế xác định người bán bỏ trốn vẫn được khấu trừ và tính chi phí nếu doanh nghiệp chứng minh được giao dịch có thật.

Nhà cung cấp chỉ bị cảnh báo rủi ro thì sao?

Theo Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026, cảnh báo rủi ro chỉ là thông tin quản lý, không phải căn cứ kết luận giao dịch không có thật hay doanh nghiệp không được khấu trừ, hoàn thuế.

Thanh toán qua ngân hàng đã đủ để chứng minh giao dịch có thật chưa?

Chưa đủ. Cơ quan thuế xem xét đồng thời hợp đồng, giao nhận hàng hóa, vận chuyển, nhập kho và việc sử dụng hàng hóa, dịch vụ.

Bị phạt vì sử dụng hóa đơn bất hợp pháp có khiếu nại được không?

Được. Nếu chứng minh được lỗi thuộc về bên bán và đã hạch toán đầy đủ, doanh nghiệp có căn cứ đề nghị xử lý theo hướng khai sai thay vì trốn thuế.

Căn cứ pháp lý

• Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, được sửa đổi bởi Luật số 149/2025/QH15 (điều kiện khấu trừ).

• Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP (điều kiện chi phí được trừ).

• Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ điện tử.

• Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP.

• Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 của Cục Thuế; Thông tư 89/2026/TT-BTC.

W&A đồng hành cùng doanh nghiệp

Hóa đơn của nhà cung cấp có vấn đề là rủi ro doanh nghiệp không thể loại bỏ hoàn toàn, nhưng hoàn toàn có thể kiểm soát. W&A hỗ trợ doanh nghiệp:

• Rà soát nhà cung cấp và hóa đơn đầu vào: sàng lọc định kỳ, xác định hóa đơn rủi ro trước khi cơ quan thuế phát hiện.

• Xây dựng quy trình kiểm soát nhà cung cấp: tiêu chí đánh giá, hồ sơ lưu trữ, cảnh báo nội bộ.

• Lập hồ sơ chứng minh giao dịch có thật và soạn văn bản giải trình với cơ quan thuế.

• Kê khai điều chỉnh đối với hóa đơn không thể bảo vệ, giảm thiểu tiền phạt.

• Khiếu nại, đề nghị xử lý đúng bản chất hành vi khi bị xử phạt sử dụng hóa đơn bất hợp pháp.