Bị cơ quan thuế ấn định thuế: doanh nghiệp có quyền gì và nên phản hồi ra sao?
Trả lời nhanh
Ấn định thuế là việc cơ quan thuế tự xác định số thuế doanh nghiệp phải nộp, thay vì dựa vào số liệu doanh nghiệp kê khai. Theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, cơ quan thuế được ấn định thuế khi doanh nghiệp:
không đăng ký thuế, không khai thuế;
khai thuế không đầy đủ, không trung thực, không chính xác về căn cứ tính thuế;
không xuất trình sổ sách, hóa đơn, chứng từ;
sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp;
không tuân thủ quy định về giao dịch liên kết.
Ấn định thuế không phải là "bản án cuối cùng". Doanh nghiệp có quyền:
được biết căn cứ ấn định;
giải trình, cung cấp tài liệu chứng minh;
bảo lưu ý kiến;
khiếu nại hoặc khởi kiện quyết định ấn định.
Phản hồi sớm, có hồ sơ và có căn cứ pháp lý thường là cách hiệu quả nhất để thu hẹp số thuế bị ấn định.
Ấn định thuế khác gì truy thu thông thường?
Trong một cuộc kiểm tra thông thường, cơ quan thuế xem xét lại số liệu doanh nghiệp đã kê khai, rồi loại bớt chi phí hoặc điều chỉnh doanh thu dựa trên chính sổ sách của doanh nghiệp.
Ấn định thuế đi xa hơn. Khi cơ quan thuế cho rằng số liệu của doanh nghiệp không đáng tin cậy hoặc không có, họ dùng các nguồn khác để tự xác định nghĩa vụ thuế:
cơ sở dữ liệu của ngành thuế;
số liệu của doanh nghiệp cùng ngành, cùng quy mô;
tài liệu và kết quả kiểm tra, xác minh.
Vì không dựa trên số liệu của chính doanh nghiệp, kết quả ấn định thường cao hơn và khó tranh luận hơn. Doanh nghiệp càng chậm cung cấp hồ sơ, khả năng số ấn định trở thành con số cuối cùng càng lớn.
Các trường hợp bị ấn định thuế thường gặp
Tình huống thực tế | Căn cứ ấn định | Rủi ro đi kèm |
Không xuất trình được sổ sách, chứng từ khi kiểm tra (mất dữ liệu, thay kế toán, lưu trữ kém) | Không xuất trình sổ sách, chứng từ | Bị ấn định doanh thu hoặc tỷ lệ lợi nhuận theo mức bình quân ngành |
Doanh thu trên hóa đơn và dòng tiền ngân hàng cao hơn doanh thu kê khai | Khai không đầy đủ, không chính xác căn cứ tính thuế | Truy thu, có thể bị xem xét hành vi trốn thuế |
Sử dụng hóa đơn từ doanh nghiệp "ma" hoặc bỏ địa chỉ | Sử dụng hóa đơn không hợp pháp | Loại chi phí, thuế GTGT đầu vào, phạt nặng |
Doanh nghiệp FDI lỗ kéo dài, thiếu hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết | Không tuân thủ quy định về giao dịch liên kết | Ấn định giá giao dịch theo dữ liệu so sánh, tăng thu nhập chịu thuế |
Không khai thuế cho một hoạt động phát sinh (cho thuê tài sản, chuyển nhượng vốn) | Không khai thuế | Ấn định toàn bộ nghĩa vụ của hoạt động đó |
Lưu ý riêng về giao dịch liên kết. Nghị định 255/2026/NĐ-CP bổ sung cơ sở dữ liệu quốc gia vào danh mục dữ liệu được dùng để xác định giá giao dịch liên kết. Nghị định cũng quy định cơ quan thuế không được dùng Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR) để điều chỉnh giá. Đây là căn cứ quan trọng để doanh nghiệp phản biện khi cơ quan thuế ấn định dựa trên dữ liệu không phù hợp.
Doanh nghiệp có những quyền gì?
Quyền được biết căn cứ ấn định. Doanh nghiệp có quyền đề nghị cơ quan thuế nêu rõ phương pháp, nguồn dữ liệu và doanh nghiệp so sánh được sử dụng. Không thể phản biện một con số mà mình không biết được tính ra như thế nào.
Quyền giải trình và cung cấp tài liệu. Doanh nghiệp được bổ sung hồ sơ chứng minh số liệu thực tế. Nếu tài liệu đủ căn cứ, cơ quan thuế phải xem xét điều chỉnh.
Quyền bảo lưu ý kiến. Doanh nghiệp không đồng ý thì ghi rõ ý kiến vào biên bản. Không ký xác nhận nội dung mình không đồng ý.
Quyền khiếu nại, khởi kiện đối với quyết định ấn định thuế và quyết định xử phạt kèm theo.
Quyền được bảo mật thông tin về số liệu, giao dịch đã cung cấp cho cơ quan thuế.
Nên phản hồi thế nào: quy trình năm bước
Bước 1: Xác định đúng "lý do" bị ấn định. Mỗi căn cứ ấn định đòi hỏi một hướng xử lý khác nhau. Thiếu chứng từ thì phải khôi phục chứng từ. Hóa đơn không hợp pháp thì phải chứng minh giao dịch có thật. Giao dịch liên kết thì phải bảo vệ phương pháp và dữ liệu so sánh.
Bước 2: Yêu cầu làm rõ căn cứ bằng văn bản. Đề nghị cơ quan thuế cung cấp phương pháp tính, nguồn dữ liệu, tiêu chí lựa chọn doanh nghiệp so sánh.
Bước 3: Khôi phục và sắp xếp hồ sơ. Tập hợp lại hợp đồng, hóa đơn, sao kê ngân hàng, chứng từ kho, dữ liệu phần mềm kế toán. Trường hợp mất dữ liệu, có thể đề nghị đối tác, ngân hàng hoặc nhà cung cấp phần mềm hóa đơn cung cấp lại.
Bước 4: Giải trình bằng văn bản có lập luận pháp lý. Văn bản giải trình nên đối chiếu từng điểm ấn định với chứng cứ và quy định cụ thể. Đề xuất phương án xác định thay thế hợp lý hơn nếu có, ví dụ dùng dữ liệu so sánh phù hợp hơn về ngành nghề và quy mô.
Bước 5: Chuẩn bị phương án khiếu nại. Nếu cơ quan thuế vẫn ban hành quyết định ấn định mà doanh nghiệp không đồng ý, cần theo dõi chặt thời hiệu khiếu nại và chuẩn bị hồ sơ ngay. Khiếu nại không làm đình chỉ việc thi hành quyết định. Vì vậy, doanh nghiệp cần cân nhắc phương án nộp tiền để tránh phát sinh tiền chậm nộp, trong khi vẫn tiếp tục khiếu nại.
Tình huống minh họa
Công ty H kinh doanh vật liệu xây dựng, thay kế toán trưởng giữa năm và thất lạc một phần chứng từ của năm 2024. Khi kiểm tra, công ty không xuất trình được sổ chi tiết giá vốn.
Cơ quan thuế ấn định tỷ lệ lãi gộp 18% theo mức bình quân của các doanh nghiệp cùng ngành. Con số này cao hơn nhiều so với mức thực tế khoảng 9% của công ty.
Công ty H đã phản hồi theo ba hướng:
đề nghị cơ quan thuế nêu rõ các doanh nghiệp so sánh, rồi chỉ ra rằng các doanh nghiệp này chủ yếu bán lẻ, trong khi công ty bán sỉ cho nhà thầu với biên lợi nhuận thấp hơn;
khôi phục giá vốn từ dữ liệu hóa đơn điện tử đầu vào, sao kê thanh toán cho nhà cung cấp và dữ liệu xuất kho trên phần mềm;
đề xuất xác định lại giá vốn theo dữ liệu đã khôi phục.
Kết quả, phần lớn giá vốn được chấp nhận và số thuế ấn định giảm đáng kể so với dự thảo ban đầu.
Phòng ngừa: năm việc nên làm ngay
Lưu trữ chứng từ điện tử có hệ thống, có bản sao dự phòng, đặc biệt trước khi thay đổi nhân sự kế toán.
Đối chiếu định kỳ doanh thu kê khai với hóa đơn điện tử và dòng tiền qua ngân hàng.
Rà soát nhà cung cấp trước khi giao dịch để tránh hóa đơn không hợp pháp.
Với doanh nghiệp có giao dịch liên kết: lập và cập nhật hồ sơ xác định giá đúng hạn, kể cả khi thuộc diện miễn lập vẫn nên lưu tài liệu chứng minh.
Khai bổ sung sớm các sai sót đã biết, trong thời hạn 5 năm theo Luật Quản lý thuế 2025.
Câu hỏi thường gặp
Khi nào cơ quan thuế được ấn định thuế?
Khi doanh nghiệp không đăng ký, không khai thuế, khai không đầy đủ hoặc không chính xác, không xuất trình sổ sách chứng từ, sử dụng hóa đơn không hợp pháp, hoặc không tuân thủ quy định về giao dịch liên kết.
Cơ quan thuế ấn định dựa trên căn cứ nào?
Chủ yếu dựa trên cơ sở dữ liệu của ngành thuế, số liệu của doanh nghiệp cùng ngành, cùng quy mô, và tài liệu, kết quả kiểm tra. Với giao dịch liên kết, có thêm cơ sở dữ liệu quốc gia theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
Bị ấn định thuế có bị phạt không?
Thường có. Tùy tính chất hành vi, doanh nghiệp có thể bị phạt 20% số thuế khai thiếu, hoặc bị xử lý theo hành vi trốn thuế với mức phạt cao hơn nhiều.
Không đồng ý với quyết định ấn định thì làm gì?
Doanh nghiệp có quyền khiếu nại hoặc khởi kiện. Do khiếu nại không làm đình chỉ việc thi hành quyết định, cần cân nhắc phương án nộp tiền để tránh phát sinh tiền chậm nộp.
Căn cứ pháp lý
Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
Nghị định 255/2026/NĐ-CP về quản lý thuế đối với giao dịch liên kết.
Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP.
Luật Khiếu nại 2011, được sửa đổi bởi Luật số 136/2025/QH15.
W&A đồng hành cùng doanh nghiệp
Trong các vụ việc ấn định thuế, khoảng cách giữa con số ban đầu và con số cuối cùng phụ thuộc rất lớn vào chất lượng phản hồi của doanh nghiệp. Với đội ngũ luật sư thuế, đại lý thuế và chuyên gia chuyển giá, W&A hỗ trợ:
Đánh giá dự thảo ấn định: phân tích căn cứ, phương pháp và dữ liệu cơ quan thuế sử dụng, xác định các điểm có thể phản biện.
Khôi phục và chuẩn hóa hồ sơ: tái lập số liệu từ dữ liệu hóa đơn điện tử, ngân hàng và phần mềm kế toán.
Soạn văn bản giải trình và tham gia làm việc với cơ quan thuế.
Bảo vệ hồ sơ giao dịch liên kết: phản biện dữ liệu so sánh, đề xuất phương pháp thay thế phù hợp.
Khiếu nại, khởi kiện quyết định ấn định thuế và quyết định xử phạt.
Bình luận