Áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần: thủ tục, hồ sơ và những lỗi khiến bị từ chối

Trả lời nhanh

Hiệp định tránh đánh thuế hai lần (Hiệp định thuế) cho phép đối tượng cư trú của nước ký kết được miễn hoặc giảm thuế tại Việt Nam với một số loại thu nhập, như:

• lợi nhuận kinh doanh khi không có cơ sở thường trú;

• tiền lãi, tiền bản quyền theo mức thuế suất giới hạn;

• thu nhập từ lao động trong một số điều kiện.

Tuy nhiên, ưu đãi theo hiệp định không tự động được áp dụng. Người nộp thuế phải chứng minh đáp ứng điều kiện và thực hiện thủ tục theo quy định.

Từ 01/7/2026, khung hướng dẫn mới gồm hai thông tư:

• Thông tư 95/2026/TT-BTC: nội dung áp dụng hiệp định thuế, thủ tục thỏa thuận song phương (MAP) và APA;

• Thông tư 89/2026/TT-BTC: hồ sơ, thủ tục.

Hai thông tư này thay thế Thông tư 205/2013/TT-BTC và các quy định liên quan. Hai điểm mới quan trọng:

• thời điểm đề nghị áp dụng hiệp định là ngày nộp đủ hồ sơ;

• đề nghị nộp quá 3 năm kể từ thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế sẽ bị từ chối.

Hiệp định thuế được dùng nhiều nhất trong trường hợp nào?

Loại thu nhập	Lợi ích thường gặp theo hiệp định	Điều kiện then chốt
Lợi nhuận từ cung cấp dịch vụ của nhà thầu nước ngoài	Miễn thuế TNDN tại Việt Nam nếu không có cơ sở thường trú	Không vượt ngưỡng thời gian, không có cơ sở cố định, không có đại lý phụ thuộc
Tiền bản quyền	Thuế suất giới hạn theo từng hiệp định	Bên nhận là chủ sở hữu hưởng lợi
Tiền lãi	Thuế suất giới hạn hoặc miễn với một số trường hợp	Thường chỉ có lợi khi thuế suất hiệp định thấp hơn tỷ lệ trong nước
Thu nhập từ làm công của cá nhân nước ngoài	Miễn thuế TNCN nếu dưới 183 ngày và đáp ứng các điều kiện khác	Thu nhập không do tổ chức tại Việt Nam chi trả hoặc chịu
Thu nhập từ vận tải quốc tế	Miễn thuế tại nước nguồn theo nhiều hiệp định	Doanh nghiệp vận tải là đối tượng cư trú của nước ký kết

Hồ sơ cơ bản để đề nghị áp dụng hiệp định

Hồ sơ cụ thể khác nhau theo loại thu nhập và phương pháp nộp thuế. Hồ sơ thường gồm:

• văn bản đề nghị theo mẫu quy định;

• giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế nước cư trú cấp, đúng năm theo quy định, được hợp pháp hóa lãnh sự (trừ trường hợp được miễn);

• hợp đồng và tài liệu chứng minh giao dịch;

• tài liệu chứng minh chủ sở hữu hưởng lợi, đặc biệt với tiền lãi, bản quyền, cổ tức;

• giấy ủy quyền nếu thực hiện qua đại diện.

Theo hướng dẫn mới, hồ sơ có thể nộp điện tử. Trường hợp hồ sơ có dung lượng lớn hoặc định dạng kỹ thuật đặc biệt thì có thể nộp bản giấy.

Sáu lỗi khiến đề nghị áp dụng hiệp định bị từ chối

1. Giấy chứng nhận cư trú sai năm, chưa hợp pháp hóa, hoặc cấp cho đơn vị khác với bên ký hợp đồng.

2. Nộp quá muộn: theo Thông tư 95/2026/TT-BTC, đề nghị quá 3 năm kể từ thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế sẽ bị từ chối.

3. Không chứng minh được chủ sở hữu hưởng lợi: bên nhận thu nhập chỉ là công ty trung gian, không có hoạt động kinh doanh thực chất, phải chuyển tiếp phần lớn thu nhập cho bên thứ ba.

4. Thực tế đã phát sinh cơ sở thường trú: chuyên gia ở Việt Nam vượt ngưỡng số ngày, hoặc có người ký kết hợp đồng thay mặt công ty nước ngoài.

5. Áp dụng sai điều khoản: ví dụ coi khoản thu nhập là lợi nhuận kinh doanh, trong khi bản chất là tiền bản quyền.

6. Tự áp dụng mà không làm thủ tục: bên Việt Nam không khấu trừ thuế nhà thầu vì "hiệp định miễn", nhưng không có hồ sơ. Khi kiểm tra, cơ quan thuế truy thu bên Việt Nam.

Khi đã bị đánh thuế hai lần: thủ tục thỏa thuận song phương (MAP)

Khi việc áp dụng thuế của Việt Nam hoặc nước kia dẫn đến đánh thuế không phù hợp với hiệp định, người nộp thuế có thể đề nghị MAP. Ví dụ điển hình là điều chỉnh chuyển giá ở một nước mà nước kia không điều chỉnh tương ứng.

Theo Thông tư 95/2026/TT-BTC:

• người nộp thuế là đối tượng cư trú của Việt Nam gửi hồ sơ đề nghị MAP đến Cục Thuế theo mẫu 01/DTA-MAP;

• thời hạn nộp hồ sơ là 3 năm (hoặc 2 năm tùy hiệp định) kể từ lần thông báo đầu tiên về việc đánh thuế không phù hợp;

• quy trình gồm tiếp nhận, rà soát, trao đổi quan điểm, đàm phán và xác nhận kết quả với nhà chức trách có thẩm quyền của nước kia.

Tình huống minh họa

Công ty GG thuê một công ty tư vấn Nhật Bản thực hiện dự án cải tiến quy trình sản xuất, giá trị 400.000 USD. Chuyên gia Nhật Bản sang Việt Nam 3 đợt, tổng cộng khoảng 70 ngày trong năm.

Công ty GG không khấu trừ thuế TNDN nhà thầu với lý do "Hiệp định Việt Nam – Nhật Bản miễn thuế". Tuy nhiên, công ty không nộp hồ sơ đề nghị áp dụng hiệp định, và giấy chứng nhận cư trú của đối tác chỉ được gửi qua email.

Khi bị kiểm tra, công ty GG bị yêu cầu chứng minh. May mắn là vẫn còn trong thời hạn 3 năm, nên công ty đã:

• yêu cầu đối tác cung cấp giấy chứng nhận cư trú đúng năm, hợp pháp hóa lãnh sự;

• lập bảng theo dõi ngày làm việc của từng chuyên gia, đối chiếu với ngưỡng cơ sở thường trú dịch vụ của hiệp định;

• nộp đủ hồ sơ đề nghị áp dụng hiệp định.

Kết quả, phần thuế TNDN được xem xét miễn. Thuế GTGT vẫn phải nộp, vì hiệp định thuế không điều chỉnh thuế GTGT.

Câu hỏi thường gặp

Văn bản nào hướng dẫn áp dụng hiệp định thuế từ 01/7/2026?

Thông tư 95/2026/TT-BTC (nội dung áp dụng, MAP, APA) và Thông tư 89/2026/TT-BTC (hồ sơ, thủ tục), thay thế Thông tư 205/2013/TT-BTC và các quy định liên quan.

Thời hạn đề nghị áp dụng hiệp định thuế là bao lâu?

Theo Thông tư 95/2026/TT-BTC, đề nghị quá 3 năm kể từ thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế sẽ bị từ chối. Thời điểm đề nghị là ngày người đề nghị nộp đủ hồ sơ.

Hiệp định thuế có miễn thuế GTGT không?

Không. Hiệp định tránh đánh thuế hai lần điều chỉnh thuế đánh vào thu nhập và tài sản, không điều chỉnh thuế GTGT.

Công ty trung gian ở Hồng Kông, Singapore có được hưởng hiệp định không?

Chỉ khi là đối tượng cư trú và là chủ sở hữu hưởng lợi của thu nhập. Công ty trung gian không có hoạt động thực chất, chỉ chuyển tiếp thu nhập, có nguy cơ bị từ chối áp dụng.

Căn cứ pháp lý

• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

• Thông tư 95/2026/TT-BTC hướng dẫn hiệp định thuế, MAP và APA (hiệu lực từ 01/7/2026).

• Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.

• Công văn 4736/CT-CS của Cục Thuế giới thiệu điểm mới Thông tư 95/2026/TT-BTC.

• Các hiệp định tránh đánh thuế hai lần Việt Nam đã ký kết.

W&A đồng hành cùng doanh nghiệp

Hiệp định thuế chỉ phát huy tác dụng khi được áp dụng đúng điều kiện và đúng thủ tục. W&A hỗ trợ doanh nghiệp Việt Nam và nhà đầu tư nước ngoài:

• Đánh giá khả năng áp dụng hiệp định cho từng loại thu nhập và giao dịch.

• Chuẩn bị hồ sơ đề nghị áp dụng hiệp định cho nhà thầu, nhà đầu tư và cá nhân nước ngoài.

• Đánh giá chủ sở hữu hưởng lợi và cấu trúc đầu tư qua công ty trung gian.

• Thủ tục thỏa thuận song phương (MAP) khi phát sinh đánh thuế hai lần.

• Rà soát nghĩa vụ thuế nhà thầu các kỳ trước và bổ sung hồ sơ hiệp định trong thời hạn cho phép.